تمتاز المكتبة الشبّريّة عن باقي المكتبات بأنّها تحتوي على كمٍّ كبير من المخطوطات النفيسة، التي أكّد بالحفاظ عليها سماحة المرجع الأعلى السيّد علي الحسينيّ السيستانيّ (دام ظلّه الوارف)، قائلاً: بأنّها تحوي كنوزاً وعلوماً مهمّة جدّاً، والمدرسة أُهملت كثيراً في عهد النظام السابق، وبعد زوال الطاغية افتُتِحت من جديد على يد المرحوم السيّد محمد أمين شبّر، إذ قام بإعداد المكتبة من جديد، وبعد وفاة السيد محمد أمين قامت الإدارة الجديدة للمدرسة ومتوليها السيد محمد جواد شبر وبالتعاون مع العتبة العباسية المقدسة بإكمال ما بدأه السيد محمد أمين من فهرسة المكتبة الكترونياً وإحيائها لتكون واحة علمية يستفيد منها طالب العلم.